KVANTITATÍV GENETIKA
Kisdi Éva
ELTE Genetikai Tanszék
Kvantitatív
jellegeknek azokat a tulajdonságokat nevezzük, amelyek valamilyen mérőszámmal
jellemezhetők, mint a testmagasság, a testsúly, az utódok száma. Ezek a
tulajdonságok általában normális eloszlást követnek a populációban: pl.
az egyedek kis része egész alacsony, többségük magassága átlag körüli,
nagyon magas egyedek ismét ritkán fordulnak elő (1. ábra). A kvantitatív
jellegek többé-kevésbé öröklődnek - magas emberek gyermekei legtöbbször
szintén magasabbak az átlagnál -, de nem követik az egyszerű egy-két lokuszos
mendeli szabályokat. Sok kvantitatív tulajdonság fontos a növénynemesítés
és állattenyésztés szempontjából (terméshozam, súly, tejhozam), az ökológiában
és az evolúcióbiológiában (utódok száma, Darwin-pintyek csőrméretei), illetve
humán vonatkozásokban (IQ, egyes betegségekre való hajlam).
Az alábbiakban először a kvantitatív jellegek öröklésmenetének genetikai alapját vizsgáljuk meg. Ez a szakasz lényeges a klasszikus és a kvantitatív genetika közötti kapcsolat megértéséhez, de az utódok kvantitatív tulajdonságainak előrejelzéséhez és a kvantitatív jellegeken végzett szelekció (nemesítés) megtervezéséhez más eszközökre van szükség. A kvantitatív genetika gyakorlatában legalapvetőbb ismereteket a 2. és 3. szakaszban tárgyaljuk. A fejezet hátralevő része már valamivel részletesebben ismerteti a gyakorlati szelektálás alapjait és ízelítőt ad a kvantitatív jellegeken folyó természetes szelekció bonyodalmaiból is.
A búzaszem színénél megfigyelt öt
diszkrét fenotípusos kategória fokozati sorba rendeződik, a kvantitatív
jellegre emlékeztető módon. Ha képzeletben növeljük a lokuszok számát,
egyre több fenotípusos kategóriát kapunk, a szomszédos kategóriák közötti
különbség egyre kisebb: ez azt sugallja, hogy a kvantitatív jellegek öröklődése
sok, egyenként kis hatású mendelező lokusszal magyarázható. Másrészt a
búzaszem színét környezeti tényezők gyakorlatilag nem befolyásolják, de
az "igazi" kvantitatív jellegeket (pl. a testsúlyt) igen; a környezeti
eredetű variabilitás elfedi a genotípusoknak megfelelő diszkrét kategóriákat,
s ezzel folytonossá teszi a jelleg eloszlását (3. ábra).
Egy populáció egyedei különböző fenotípust mutatnak részben mert különböző genotípusúak, részben mert különböző környezeti hatások érik őket. Hogyan lehet elkülöníteni a genetikai és a környezeti eredetű variabilitást?
P = G + EA populáció teljes fenotípusos variabilitását a fenotípusos varianciával (V(P)) számszerűsítjük. A fenotípusos varianciát is felbonthatjuk a genetikai (V(G)) és a környezeti (V(E)) variancia összegére,
V(P) = V(G) + V(E)
h2 = V(G)/V(P)amely megadja, hogy a megfigyelhető fenotípusos variabilitás hányad része köszönhető genetikai különbségeknek. (A h2 szimbólum magát a heritabilitást jelenti, nem pedig a négyzetét.) Ha a tágabb értelemben vett heritabilitás 1, akkor a genetikai variancia megegyezik a teljes fenotípusos varianciával és egyáltalán nincs környezeti eredetű variabilitás, ha pedig 0, akkor nincs genetikai variancia, tehát minden egyed azonos genotípusú és minden fenotípusos eltérés környezeti okokra vezethető vissza.
ahol a kettes szorzótényezővel azt vesszük tekintetbe, hogy az utódok alléljainak csak a fele származik a kiszemelt szülőtől. Az allélok másik fele a populációból véletlenszerűen származik, így nem okoz eltérést a kiszemelt szülő utódai és a populáció átlaga között.
V(P) = V(A) + V(D) + V(I) + V(E)
h2 = V(A) / V(P)
R = h2 S.
Az R=h2S összefüggés bizonyításához ki kell számítanunk a 4. ábrán látható regressziós egyenes meredekségét. A breeding value definíciója szerint az utódok fenotípusának átlaga Am/2 + Af/2 -vel tér el a populáció átlagától (ahol Am illetve Af az apa ill. az anya breeding value-ja), a két szülő fenotípusának átlaga pedig (Pm+ Pf)/2. A regressziós egyenes meredeksége a két változó kovarianciája osztva a vízszintes tengelyen lévő változó varianciájával, azazMint a 4. ábráról leolvasható, a kiválogatott szülők utódainak átlagos fenotípusa a populáció átlagánál bS = h2S -sel nagyobb, azaz R = h2S.
Ha próbaképpen elvégzünk egy szelekciós kísérletet, akkor ismerve az alkalmazott S szelekciós differenciált és a kapott szelekciós választ, az R=h2S egyenletnek megfelelően a heritabilitást a h2=R/S hányadossal becsülhetjük. Az így kapott becslést gyakran realizált heritabilitásnak nevezik, mivel a gyakorlatban eltérhet az elméleti h2 = V(A)/V(P) értéktől. Az R = V(A)/V(P) S szelekciós egyenlet alapján várható és a kapott szelekciós válasz közötti különbséget okozhatja az, hogy a szelektált jelleg nem közömbös az egyedek túlélése vagy termékenysége szempontjából, s ezért a mesterséges szelekció mellett természetes szelekció is folyik a populációban. Előfordul például, hogy a nagy testű állatok termékenyebbek. Ha kis testméretre próbálunk szelektálni, a kiválogatott kis szülők közül a viszonylag nagyobbak több utódot hoznak létre, így az utódok átlagos mérete is nagyobb lesz a vártnál. A várt szelekciós választól való eltérést okozhatja genetikai sodródás ill. beltenyésztéses leromlás és a környezeti körülmények esetleges változása is.
Rokonok összehasonlítása
A heritabilitás becslésének legfontosabb módszere a rokonok összehasonlítása. Ha egy tulajdonság variabilitása jórészt a különböző allélektől származik, akkor a rokonok közös alléljeiknél fogva fenotípusosan is hasonlítani fognak egymásra. Ha viszont a tulajdonság variációja főleg környezeti okokra (esetleg dominancia- vagy interakciós hatásokra) vezethető vissza, akkor a rokonok hasonlósága nem lesz nagy. Így a rokonok (mérhető) fenotípusos hasonlósága közvetlen kapcsolatba hozható a populációban lévő additív genetikai varianciával, illetve a heritabilitással. Az alábbiakban a levezetések mellőzésével felsoroljuk a fontosabb összefüggéseket. Feltesszük, hogy a populációban a párosodás véletlenszerű, s egyszerűség kedvéért eltekintünk a lokuszok közötti interakciótól.
(1) Szülőátlag-utódátlag regresszió. Az R=h2S szelekciós egyenlet levezetésénél látott 4. ábra egyszersmind módszert ad a heritabilitás becslésére is. Mérjük egy koordinátarendszer vízszintes tengelyére a két szülő fenotípusának átlagát, a függőleges tengelyre pedig az utódaik fenotípusos átlagát. (Nem jelent problémát, ha családonként csak egy utód van: ekkor az ő fenotípusa kerül a függőleges tengelyre.) A pontokra illesztett regressziós egyenes meredeksége megegyezik a becsült heritabilitással. (A kvantitatív genetikában legtöbbször használt statisztikai eljárások - regressziószámítás és varianciaanalízis - megtalálhatók a legtöbb bevezető statisztikakönyvben. Néhány ilyen könyvet a fejezet végén felsorolunk.)
(2) Szülő-utódátlag regresszió. A fenti módszer analógjára meg lehet határozni a heritabilitást csak az egyik szülő és utódai alapján is. A szülő fenotípusát a vízszintes, utódainak átlagát a függőleges tengelyre mérve a regressziós egyenes meredeksége a heritabilitás fele (vö. az utódok alléljeinek csak a fele származik a vizsgált szülőtől). Ez a módszer akkor is használható, ha a fenotípust csak az egyik nemen lehet megmérni (pl. tejhozam), vagy ha a fenotípusos variancia a hímekben és nőstényekben eltérő. Utóbbi esetben mindegyik szülőt az azonos nemű utódaival hasonlítjuk össze (pl. a fiúk átlagának regressziója az apák fenotípusos értékén becsli a heritabilitás felét).
(3) Féltestvérek összehasonlítása. Ha egy hímnek különböző nőstényektől több utódja van, akkor az utódpopuláció tagjait apjuk szerint csoportosítva féltestvér-csoportokat kapunk. A féltestvérek alléljeinek negyede közös, így az egyik féltestvér fenotípusának regressziója a másik féltestvér fenotípusán a heritabilitás negyedét adja. Ezzel a módszerrel azonban apánként csak két féltestvér adatait dolgozhatnánk fel; a gyakorlatban ezért a féltestvérek adataiból nem regressziót számolunk, hanem varianciaanalízist végzünk.
A varianciaanalízist tárgyaló statisztikakönyvek részletesen ismertetik a számolásmenetet az ún. csoporton belüli és csoportok közötti MS-értékek meghatározásáig. Mindkét MS érték a teljes populáció varianciáját becsli feltéve, hogy a csoportok között nincs különbség; esetünkben ez azt jelentené, hogy az utódok fenotípusát apjuk nem befolyásolja, tehát a jelleg nem öröklődik. Ez a hipotézis a két MS-érték összehasonlításával (F-próba) tesztelhető. Amennyiben a csoportok között szignifikáns különbség van, az öröklődés tényét igazoltuk. A heritabilitás számszerű meghatározásához az MS-értékekből meg kell határoznunk a féltestvér-csoportok közötti varianciakomponenst a következő módon:
s2féltestvér = (MScsop. közötti - MScsop. belüli)/kahol k az egy csoportban levő egyedek száma.A féltestvér-csoportok közötti varianciakomponens (s2féltestvér) a populáció additív genetikai varianciájának negyedét (V(A)/4) becsli. A heritabilitás tehát h2=4s2féltestvér/V(P) ahol V(P) a populáció közvetlenül mérhető fenotípusos varianciája.
(4) Édestestvérek összehasonlítása.
Monogám fajoknál az utódgenerációban édestestvérek csoportjai vannak. Az
édestestvérek alléljeinek fele közös; ám ezen felül ők kaphatják mindkét
szülőtől ugyanazt az allélt (1/4 valószínűséggel), s így dominancia-viszonyaik
is megegyezhetnek. Az édestestvér-csoportok közötti varianciakomponensben
ezért az additív genetikai variancia mellett a dominancia-variancia is
megjelenik, s2édestestvér
= V(A)/2 + V(D)/4.
A dominancia-variancia elhanyagolásával a heritabilitás hozzávetőlegesen
h2=2s2édestestvér/V(P).
Az édestestvérek közötti varianciakomponenst ugyanúgy határozzuk meg, mint
a féltestvéreknél.
A fenti becslések akkor érvényesek, ha a rokonok közötti hasonlóság kizárólag a közös allélekből származik. A rokonokat azonban sokszor azonos környezeti hatások is érik, ami környezeti eredetű hasonlósághoz vezet (pl. egy családnak egy territóriumon él; a jobb territóriumon a család minden tagja nagyobb testű lesz). Emiatt a heritabilitást túlbecsülhetjük. A környezeti hasonlóság emlősöknél különösen az édestestvérek között erős. Fontos esete az ún. anyai hatás: az utódok környezetét életük első szakaszában (ami a kvantitatív tulajdonságok kialakulásában gyakran igen fontos szakasz) főleg az anyjuk határozza meg (méhen belüli élet, szoptatás stb.). A közös anya a testvéreknek nagyrészt azonos környezetet biztosít, sok jellegben jócskán megnövelve hasonlóságukat. Az édestestvérek összehasonlítása ezért nem túl megbízható módszer, gyakran még 1-nél is nagyobb heritabilitás-értéket ad. Ezt a becslést más módszerekkel kapott heritabilitás-értékekkel összehasonlítva viszont tájékozódhatunk arról, hogy van-e közös környezeti hatás (ill. dominancia).
(5) Testvér-analízis. Állatoknál egy gyakori és kedvező kísérleti elrendezés az, hogy minden hímet több nősténnyel párosítanak (egy nőstényt csak egy hímmel), s minden nősténynek több utódját mérik meg. Az egy nősténytől származó utódok édestestvérek, míg az egy hímtől, de különböző nősténytől származók féltestvérei egymásnak. A féltestvérek alapján a heritabilitást megbízhatóan becsülhetjük, az édestestvérekből pedig az anyai hatás erősségét állapíthatjuk meg. A szülő-utód regresszióval szemben a testvér-analízis előnye, hogy csak egy generáció egyedeit kell megmérni, így időt takaríthatunk meg.
Tágabb értelemben vett heritabilitás becslése
A tágabb értelemben vett heritabilitás (V(G)/V(P)) ugyan nem alkalmas a szelekciós válasz előrejelzésére, de önmagában érdekes lehet tudni, hogy a megfigyelhető fenotípusos variáció hányad része vezethető vissza genetikai variációra, s hányad része környezeti eredetű (táplálkozás, nevelés stb. hatása; "nature-nurture" kérdés). A tágabb értelemben vett heritabilitás egyszerűen becsülhető, ha azonos genotípusú egyedek csoportjai (pl. vegetatívan szaporított növények) állnak rendelkezésre: a varianciaanalízis során a csoportok közötti varianciakomponens becsli a genetikai varianciát, s ezt a fenotípusos varianciával osztva kapjuk a tágabb értelemben vett heritabilitást.
Az egypetéjű ikrek genetikailag teljesen egyformák, így kézenfekvő lenne az ikrek adataiból becsülni a tágabb értelemben vett heritabilitást. Az ilyen becslések azonban többnyire irreálisan magas (gyakran 1-nél nagyobb) heritabilitást adnak. Az ok nyilvánvaló: az egypetéjű ikreknek nemcsak a genotípusa azonos, hanem környezete is nagyrészt megegyezik (méhen belüli élet, család stb.). Ezt a környezeti eredetű hasonlóságot bizonyos mértékig korrekcióba lehet venni az azonos nemű kétpetéjű ikrek alapján.
Az iker-analízis során variancia-analízist végzünk az ikrek kéttagú csoportjaival. Az egypetéjű (MZ=monozygotic) ikerpárok közötti variancianciakomponens azonban nem egyszerűen a genetikai variancia, hanem tartalmazza az ikrekre egyformán ható környezeti tényezők (EC) ikerpárok közötti varianciáját is (s2MZ = V(G) + V(EC). A kétpetéjű (DZ=dizygotic) ikrek genetikailag édestestvérek. Ha V(EC) ugyanakkora náluk, mint az egypetéjű ikreknél, akkor a kétpetéjű ikrek közötti varianciakomponens s2DZ= V(A)/2 + V(D)/4 + V(EC) (vö. édestestvérek összehasonlítása), s így s2MZ - s2DZ = (1/2) V(A) + (3/4) V(D). Ennek duplája a genetikai variancia tűrhető becslését adja, ha a dominancia-variancia nem túl nagy. A tágabb értelemben vett heritabilitás tehát h2tág = 2 (s2MZ - s2DZ)/V(P).Sajnos a környezeti hasonlóság korrekciója nem tökéletes, mivel az egypetéjű ikrekre valószínűleg több tényező hat egyformán, mint a kétpetéjűekre. Már a méhen belüli életben az egypetéjű ikreknek lehet közös chorionjuk, vagy még közös amnionjuk is, míg a kétpetéjűeknek mindig külön magzatburkaik vannak. Az egypetéjű ikrek jobban hasonlítanak egymásra, így a családban, iskolában stb. egyformán kezelik őket. További problémát jelent, hogy az egypetéjű és kétpetéjű ikrek (illetve az ikrek és a teljes népesség) genetikai varianciája különböző lehet. A kétpetéjű ikerszülés gyakorisága részben genetikai tényezőktől függ (így pl. különböző rasszokban más), míg az egypetéjűeké nem; ennélfogva a népesség különböző csoportjai más-más arányban lesznek képviselve az egypetéjű és kétpetéjű ikrek között, ami a genetikai variancia eltéréséhez vezet.
Repetabilitás
Egy kvantitatív jelleget befolyásoló környezeti hatások közül némelyek az egyed egész életén át állandóak maradnak (pl. a magzati élet során kapott maradandó hatások), mások változékonyak (pl. táplálék). A változékony környezeti tényezők miatt a vizsgált jelleg is változik (pl. a testsúly ingadozik). A repetabilitás azt méri, hogy a populációban megfigyelhető variabilitás hányad része származik az időben állandó (genetikai, illetve nem változó környezeti) tényezőktől. Ha a repetabilitás magas, a változékony környezeti tényezők nem okoznak túl nagy eltéréseket a vizsgált jellegben; egy egyed fenotípusa nem nagyon változik, egy "jó" fenotípusú egyed a jövőben is jó teljesítményt mutat. Ha viszont a repetabilitás alacsony, az egyedek fenotípusa változékony, egy pillanatnyilag nagy terméshozamú (súlyú, termékenységű stb.) egyed jövőre akár sokkal gyengébb is lehet. Mivel a genetikai hatások állandóak egy egyed életében, a repetabiltás egyszersmind felső korlátot ad a tágabb értelemben vett heritabilitásra.
A fenotípusos érték P = G + E felbontásánál E-n belül elkülöníthetjük az időben állandó (Eg, "general") és az időben változó (Es, "special") környezeti hatásokból származó részt: P = G + Eg + Es. A fenotípusos variancia felbontása ennek megfelelően V(P) = V(G) + V(Eg) + V(Es), ahol V(G) + V(Eg) jelenti a genetikai és az időben állandó környezeti hatásoknak megfelelő varianciát. A repetabilitás (r) ennek hányada a teljes fenotípusos varianciában: r = [V(G) + V(Eg)]/V(P). A repetabilitás meghatározásához minden egyeden többször kell megmérni a szóban forgó jelleget (pl. a terméshozamot évente, a tejhozamot laktációs periódusonként). Az adatokon varianciaanalízist végzünk úgy, hogy egy csoportnak tekintjük az egy egyeden végrehajtott mérések eredményeit. Az egyedek közötti varianciakomponens adja a V(G) + V(Eg) varianciát, míg az egyedeken belüli a V(Es) varianciát.
5. Kvantitatív jellegek szelekciójának
gyakorlati szempontjai
A
szelekció erősségének mérésére a szelekciós differenciál helyett sokszor
használjuk a szelekciós intenzitást:
i = S/s (s így R=h2is)ahol s a szelektált jelleg fenotípusos szórása (azaz V(P) négyzetgyöke). A szelekciós intenzitás előnye, hogy dimenzió nélküli szám, így nem függ a kérdéses jelleg mérésére használt mértékegységtől. A szelekciós differenciált mi szabjuk meg azzal, hogy milyen egyedeket választunk ki mint szaporítandó szülőket. Sokszor szeretnénk tudni azonban már a válogatás megejtése előtt, hogy mekkora szelekciós differenciált fogunk elérni egy adott populációban, ha pl. az egyedek egyötödét szaporítjuk.
A leghatékonyabban nyilván úgy szelektálhatunk, hogy az egyedeket fenotípusuk szerint rangsorolva a legjobbakat választjuk be a szaporítandó hányadba (trunkációs szelekció, 5. ábra). Ha a jelleg eloszlása a kiindulási populációban normális és a szelekció trunkációval történik, akkor a szelekciós intenzitás megadható abból, hogy a teljes populáció hányad részét szaporítjuk: a szelekciós intenzitások a szaporított hányad függvényében a 2. táblázatban találhatók. A szelekciós intenzitást a jelleg fenotípusos szórásával megszorozva kapjuk a keresett szelekciós differenciált.
Korrelált szelekciós válasz
Ha a nagyobb testméretet kialakító allélek nagyobb súlyt is eredményeznek, akkor a méret alapján szelektált szülők utódai nehezebbek lesznek a populáció átlagánál. E korrelált szelekciós válasz nagysága CRX = rAhXhY(sX/sY)SY ahol sX és sY a két jelleg fenotípusos szórását jelöli és rA a két jelleg közötti genetikai korreláció (a két jelleg breeding value-i között mérhető korreláció). Megjegyzendő, hogy a két jelleg közötti fenotípusos korreláció (pl. a nagyobbak nehezebbek) még nem bizonyítja a genetikai korreláció létét, mert lehetséges, hogy csak a környezeti hatások hoznak létre korrelációt a két fenotípus között (pl. a több táplálék nagyobb és nehezebb testhez vezet, de a méretet ill. súlyt más-más allélok befolyásolják). Korrelált szelekciós választ azonban csak a genetikai korreláció eredményez.
Ha a két jellegen egyszerre folyik szelekció, a teljes szelekciós válasz (RX ill. RY) a direkt (h2 DS) és a korrelált válasz összege:
RX = h2X DSX + rAhXhY(sX/sY)DSYVegyük észre, hogy pl. a súlyban kapott szelekciós válasz (RX) a magasságon folyó szelekciótól (DSY) is függ: ha történetesen a kis testméret valamiért előnyös, a súly csökkenhet még akkor is, ha azonos testméret mellett a nagyobb súly lenne jobb. Az ilyen "maladaptív" változások oka gyakran lehet az, hogy valamely korrelált jellegen ellentétes hatású szelekció zajlik. A populáció átlagos rátermettsége (vagyis az egyedek átlagos túlélési valószínűsége ill. termékenysége) azonban a szelekció során mindig nő; példánkban a kisebb testméret nagyobb előnyt ad, mint a nagyobb súly (Lande, 1979).
RY = h2Y DSY + rAhXhY(sY/sX)DSX
Ennek
a nevezetes tételnek segítségével könnyen szemléletessé tehetjük a populáció
evolúcióját. Ábrázoljuk az átlagos rátermettséget a tulajdonságok átlagértékeinek
függvényében. A kapott diagram azt mutatja, hogy a különböző (átlagos)
méret, súly stb. mennyire előnyös az egyedek (átlagos) túlélése és szaporodása
szempontjából (7. ábra). Ezen a fenotípusos adaptív tájképen a populáció
mindig felfelé mozog, és végül elérkezik a hegycsúcsra, ahol minden jelleg
átlaga optimális - hacsak a genetikai variabilitás útközben el nem fogy.
7. A genetikai variabilitás fenntartása
Szelekció csak akkor folyhat egy jellegen, ha van rá additív genetikai variancia (h2>0). A hosszú ideig tartó szelekció azonban lassan "elfogyasztja" az additív genetikai varianciát: végül minden lokuszon a legjobb allél rögzül, a többi pedig eltűnik. Mégis természetes populációkban egy sor kvantitatív jelleg mutat jelentős mértékű additív genetikai variabilitást (h2=0.3-0.5). Régebben ezt különböző irányba ható (térben vagy időben változó, vagy gyakoriságfüggő) szelekciós mechanizmusok egyensúlyával próbálták magyarázni. Lande (1976) azonban megmutatta, hogy a sok lokuszon bekövetkező mutációk elegendő új allélt produkálhatnak ahhoz, hogy a megfigyelt additív genetikai varianciát fenntartsák: eszerint variabilitás mutáció révén állandóan keletkezik és szelekció révén állandóan fogy, s a két folyamat egyensúlya adja a meglévő genetikai variabilitást.
Mutáció-szelekció egyensúly az egy
lokusz által meghatározott jellegeknél is fennállhat (l. a Populációgenetika
c. fejezetet), ám ott a ritka mutáció és a rendszerint elég erős szelekció
eredményeként a rosszabb allélok gyakorisága nagyon kicsi: gyakorlatilag
mindenki homozigóta a legjobb ("vad") allélra, így a genetikai variabilitás
elenyésző. A sok lokusz által befolyásolt kvantitatív jellegeknél azonban
a mutáció hatása megsokszorozódik, hiszen a sok allél valamelyikének mutációja
már nem olyan ritka esemény. Ezért a kvantitatív jellegeknél a mutáció-szelekció
egyensúly jelentős genetikai variabilitást tarthat fenn.
![]() |